ในปี พ.ศ. 2498 สมเด็จพระอริยวงศาคตญาณสมเด็จพระสังฆราช (ปุ่น ปุณณสิริ) ได้ก่อตั้งโรงเรียนแพทย์แผนโบราณขึ้น เพื่อเป็นศูนย์กลางแห่งการเรียนรู้ด้านการแพทย์แผนโบราณ
มีการสอนทั้งวิชาเภสัชกรรม, เวชกรรม และการผดุงครรภ์ไทย และการนวดแผนโบราณ ตามกระแสรับสั่งของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว
ปีพ.ศ. 2542 มีการประกาศ พ.ร.บ.การประกอบโรคศิลปะ พ.ศ.2542 ที่มีการแก้ไขสาระสำคัญหลายประการที่เอื้อต่อการพัฒนาการแพทย์แผนไทยมากขึ้น เช่น เปลี่ยนชื่อการประกอบโรคศิลปะแผนโบราณ
เป็นการแพทย์แผนไทย
ในปีพ.ศ. 2524 ศ.นพ.อวย เกตุสิงห์ ได้ก่อตั้งอายุรเวทวิทยาลัยขึ้น เพื่อผลิตแพทย์แผนโบราณรุ่นใหม่ โดยสอนความรู้ทางด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพควบคู่ไปกับวิชาการแพทย์แผนโบราณ สอนทั้งเวชกรรม
เภสัชกรรม การผดุงครรภ์ และการนวดแบบราชสำนัก ซึ่งหลักสูตรใช้เวลาศึกษา 3 ปี และแพทย์แผนไทยประยุกต์ที่เรียนจบหลักสูตรนี้สามารถสอบใบประกอบโรคศิลปะได้
พ.ศ. 2528 ถือได้ว่าเป็นจุดเปลื่ยนของวงการแพทย์แผนไทย จากการที่กลุ่มศึกษาปัญหายา มูลนิธิสาธารณสุขกับการพัฒนา มูลนิธิหมอชาวบ้าน คณะกรรมการประสานงานองค์กรเอกชนเพื่อการสาธารณสุขมูลฐาน
ร่วมกับ สมาคมแพทย์แผนโบราณต่าง ๆ ได้จัดสัมมนาฟื้นฟูการนวดไทยเป็นครั้งแรก และได้ก่อตั้ง โครงการฟื้นฟูการนวดไทย เพื่อทำกิจกรรมรณรงค์เผยแพร่การนวดไทยแก่ประชาชนให้สามารถนำไปใช้เพื่อทดแทน
การใช้ยาแก้ปวดเกินจำเป็น เสริมศักยภาพของหมอนวดไทยจากสำนักต่าง ๆ รวมทั้งหมอนวดอิสระ โครงการนี้มีส่วนทำให้มีการใช้การนวดไทยแพร่หลายมากขึ้นในหมู่ประชาชนและมีการนำการนวดไทยไปใช้
ในสถานบริการสาธารณสุขของรัฐในเวลาต่อมา ประกอบกับกระทรวงสาธารณสุข ได้จัดทำโครงการสมุนไพรกับการสาธารณสุขมูลฐาน โดยความร่วมมือของประเทศสหพันธ์สาธารณรัฐ เยอรมัน เน้นการทดลองใช้
สมุนไพร 5 ชนิดในคลินิกของโรงพยาบาลชุมชน 5 แห่ง ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นในการใช้ยาสมุนไพรและยาแผนไทยในสถานบริการสาธารณสุขของรัฐในเวลาต่อมาด้วยเช่นกัน
พ.ศ. 2532 กระทรวงสาธารณสุข โดยมติเห็นชอบของคณะรัฐมนตรี ได้จัดตั้งศูนย์ประสานงานการพัฒนาการแพทย์และเภสัชกรรมแผนไทย สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข เพื่อทำหน้าที่วางนโยบาย
และแนวทางเกี่ยวกับการพัฒนาการแพทย์แผนไทย เอื้ออำนวย ประสานงาน และให้การสนับสนุนการดำเนินงานของหน่วยงานและสถาบันต่าง ๆ ให้เป็นไปในทิศทางที่เหมาะสม ศูนย์ประสานงานฯ ที่เกิดขึ้นนี้
ได้เริ่มวางรากฐานการพัฒนาการแพทย์แผนไทยโดยการประสานความร่วมมือจากฝ่ายต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง ทั้งภาครัฐ เอกชน และฝ่ายวิชาชีพ ต่อมาในปี พ.ศ.2536 หน่วยงานนี้ได้โอนไปรวมกับสถาบันการแพทย์แผนไทย
ซึ่งจัดตั้งขึ้นในสังกัดกรมการแพทย์ ต่อมาได้ย้ายไปสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข และกรมพัฒนาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือกตามลำดับ